基于改進(jìn)TF-IDF算法的基因通路富集方法

摘要： 提出一種綜合考慮通路局部和全局信息的基因通路富集分析（GIGSEA）方法。首先利用基因相互作用數(shù)據(jù)，通過基因在通路的局部重要性和在通路數(shù)據(jù)庫的全局特異性計算基因的影響力；然后將基因影響力和表型相關(guān)性值融合在一起，計算通路的富集分?jǐn)?shù)；最后通過置換基因富集出統(tǒng)計學(xué)顯著的通路。將GIGSEA方法運(yùn)用于肝細(xì)胞癌和結(jié)腸直腸癌數(shù)據(jù)集進(jìn)行風(fēng)險通路富集，與基因集富集分析方法相比，GIGSEA方...