紅光、藍光處理下馬鈴薯轉(zhuǎn)錄組特異表達基因密碼子的偏好性分析

摘要： 以紅光、藍光處理下的馬鈴薯轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為基礎，以白光為對照，各篩選出1 206條、691條特異表達基因。通過CodonW、CUSP對篩選出的基因編碼序列(CDS)進行密碼子使用偏好性分析。結(jié)果表明，在紅光、藍光處理下，馬鈴薯對基因密碼子的使用偏好性都較弱，都偏好使用A或T(U)結(jié)尾的密碼子。在2種光質(zhì)處理下，特異表達基因序列密碼子的GC總量都與同義密碼子在第3位的胞嘧啶和鳥嘌呤含...